Согласно расписанию полетов Международной космической станции, запуск ракеты-носителя «Союз-2.1а» с транспортным грузовым кораблем «Прогресс МС-16» намечен на 15 февраля в 7:45 по московскому времени. Старт произойдет с пусковой установки номер шесть площадки номер тридцать один космодрома Байконур. Ожидается, что после двухдневного перелета, примерно в 9:20 17 февраля, корабль автоматически совершит стыковку с модулем «Пирс».
Госкорпорация «Роскосмос» планирует осуществление прямых трансляций запуска и прибытия грузового корабля.
Основная задача полета – доставка на Международную космическую станцию топлива, воды и прочих грузов, требующихся для поддержания ее работы в пилотируемом режиме. Помимо этого, в грузовом отсеке находится комплект оборудования для ремонта, включающий набор армирующих накладок с клеевым соединением, предназначенных для временного устранения дефектов корпуса переходной камеры служебного модуля «Звезда».
На момент прибытия грузового корабля на орбите находятся космонавты «Роскосмос» Сергей Рыжиков и Сергей Кудь-Сверчков, астронавты NASA Кэтлин Рубинс, Майк Хопкинс, Шеннон Уокер и Виктор Гловер, а также японский астронавт Соичи Ногучи.
